遠景の比較。
遠景では発色の違いはあるものの、ビルや木などのディティールの写りはほぼ同じに見えます。
強いて言えばトリミングした鉄塔を見ると解るようにやっぱりD5000が若干甘く、GXRの方がシャープな写りをしています。
GXR 1/320s F8.0 ISO200 画像設定スタンダード WB曇り

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D5000 1/320s F8.0 ISO200 画像設定スタンダード WB曇り

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画像設定スタンダードではGXRの方が彩度、コントラストともに高めのようです。
逆にナチュラルではGXRの方が彩度が低いように感じました。
GXR 上の写真をトリミングしたもの

D5000 上の写真をトリミングしたもの

GXRの方がシャープな写りをしています。
鉄塔まで数百メートルあるので、すでに無限遠の範囲のため、ピントの問題では無いはずです。
あまくなるのはAF-S DX NIKKOR 35mm F1.8の特徴でしょうか。